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発現(expression)という用語の意味と使い方

「発現」の意味 用語の一口メモです。筆者は、このブログではなるべく専門用語を使わないように努めています。ですが、「発現」という用語はときどき使っており、前回の mRNAワクチンの記事 でも中途半端に使ってしまいました。よい機会だと思うのでここで意味を説明し、今後はあまり気にせずに使いたいと思います。 * * * 一般的な言葉としても発現は使われていると思いますが、多分、“出現”と似たような意味ではないでしょうか (辞書を引くと“実際に現れ出ること”などと書いてあります) 。 専門用語としての「 発現 」は、「 転写 」、「 翻訳 」、という限定的な意味に加えて、合成されたタンパク質が細胞内のどこかに存在する、あるいは出現するというような、 一般的意味に近い意味 も持ちます。 くだけて言うと、(タンパク質の)出現・存在に、それに至るまでの過程をプラスした動的なイメージの言葉、と捉えておけばよいと思います。 ちなみに、「転写(transcription)」、「翻訳(translation)」の意味は、前回の mRNAワクチンの記事 で述べた通りです。 「発現」の使い方 たとえば、よく使われる  遺伝子発現(gene expression)  タンパク発現(protein expression) という二つの言葉について考えてみましょう。 狭義には 、前者は「転写」を、後者は「翻訳」を意味します。 (前者の例では、たとえば“遺伝子発現のプロファイリング”というと、ある細胞や組織等に存在するmRNAを網羅的に測定するような方法論です) しかし、 広義には 、前者は「転写」だけでなく「翻訳」以降の過程も、後者は場合によっては、遺伝子導入から「転写」、「翻訳」、さらにはその後のタンパクの出現、存在までの全ての過程を含みそうです。とすると、上の二つはほぼ同じことを言い表していて、力点の置き方が少し違うだけということになるのかもしれません。 このように「発現」は意味に幅のある用語ですが、概念としてはmRNAかタンパクかが“現れ出てくること”であり、上記を理解しておけば大体意味が取れるのではないでしょうか。 mRNAワクチンの記事で、たとえば「MHC分子が細胞膜に発現している」ならば、“MHC分子が細胞膜に存在・出現している”、と受け取れますよね。 * * * 「発現」を使えば、mR

Contempoに変更(210409)

ブログテンプレートをBlogger公式の Contempo に変更しました。 いろいろと四苦八苦したのですが、特にページ送りボタンの追加には苦労しました。HTMLには書いてあるのに表示をしていないようです。なぜなんでしょう?  (この手の移動手段がないと、記事を読んだ後がものすごく不便なんですが、まったく・・・これがないからBloggerを使わないという人もいるぐらいです) それはともかく、ページ送りボタンの追加は、ブログ ふじろじっく様 の記事 「 ページネーション(前後記事リンク)を表示させる 」 に従ってHTMLとcssを改変して成功しました。この場を借りて御礼申し上げます。 *2021年4月14日追記 「当サイトについて」の中に掲載していたものを、こちら(記事)に移しました。

新型コロナウイルスmRNAワクチンのコンセプトと免疫誘導機構

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はじめに 新型コロナウイルスワクチンが米国を始めとしてワープ速度で開発され、日本でも今年二月十七日から接種が開始されました(本日=四月七日時点で一回接種者、二回接種者合計で1,393,108人)。    参考:厚労省ホームページ・ 新型コロナワクチンの接種実績    追記: 2021年4月12日以降のワクチン接種実績 は、 首相官邸HP をご覧ください。 最初に使われているファイザー社のワクチンはmRNAワクチンというカテゴリーのもので、従来日本では使われたことのないカテゴリー(プラットフォーム)のワクチンです。 ワクチン開発については、以前の記事(「 新型コロナウイルスワクチンと新薬開発の展望 」)で簡単に説明しましたが、ここではmRNAワクチンのコンセプトは何かという一般論と、新型コロナウイルスmRNAワクチンがどのように免疫を誘導するかという作用機序について、説明したいと思います。 参考文献 : mRNA vaccines ― a new era in vaccinology. Pardi N. et al, Nat Rev Drug Discov. 2018 April ; 17(4): 261–279 COVID-19ワクチンに対する提言(第2版) 日本感染症学会(https://www.kansensho.or.jp/uploads/files/guidelines/2102_covid_vaccine_2.pdf) そもそもmRNAとは何か? mRNAワクチンの作用機序を理解するには、mRNAとは何かを理解していないと難しいと思われるので、まずそれを説明します。 遺伝子はタンパク質をコードする 少し話がさかのぼりますが、そもそも、われわれが親から受け継ぐ遺伝情報とは、いったい何の情報なのでしょうか? その答えは、 「タンパク質」をコードするための情報 です。 具体的に言うと、遺伝子はタンパク質のアミノ酸配列をコードする情報を含むDNAなのです。ではなぜタンパク質なのかというと、 生命体においてもっとも基本的で重要な機能を持つのはタンパク質 だからです。 タンパク質は、酵素、レセプター、情報伝達体、あるいは構造体や運動器官としてなど、極めて広汎な生体機能をつかさどっています。われわれの体はタンパク質以外にも脂質や糖質、骨のリン酸カルシウム、その他いろいろ

新型コロナウイルス抗体は4か月消退しない:アイスランドの大規模調査論文

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はじめに アイスランドで新型コロナウイルスの大規模な抗体検査が行われ、結果がこの九月に臨床系最高峰の医学雑誌・ニューイングランドジャーナルオブメディスンに報告されました。 最も重要な知見は、コロナ抗体が確定診断後4か月は減衰しなかったことです。    ( Humoral Immune Response to SARS-CoV-2 in Iceland, Daniel F. Gudbjartsson et al, New Eng. J. Med. September 1, 2020.  ) (なお、Supplementaryの図表がたくさんありますが、残念ながら無料では読めないようです)  論文中で用いられた方法論は信頼性が高く、従ってデータの信頼性も高いと思われます。  本記事では、その内容を簡単に紹介したいと思います。また、この論文に先行してスペインで同じような大規模抗体検査が行われ、七月にやはり臨床系の一流誌であるランセットに報告されておりますので、その結果とも比較対照してみます。 研究の背景 新型コロナウイルスに対する抗体は、診断から7~14日後に出現してきますが、最近、複数のグループによる予備的検討によって、この抗体が数か月後に消失する可能性があると指摘されました。これが事実とすると、ワクチン接種によって獲得した液性免疫、すなわちウイルスに対する中和抗体が短期間で消失してしまうことが示唆され、ワクチン接種が感染防御にあまり有効でないのではないかとの懸念を生じさせます。これはコロナで苦しむわれわれ人類にとって由々しき問題です。 従って、新型コロナウイルスに対する液性免疫応答がどのように起こり、どれぐらい持続するのかは極めて重要で意義深い研究トピックなのですが、現時点ではまだそれほど多くのことは分かっていません。 この論文では、アイスランドにおいて大規模抗体検査(30576人)を行い、抗体の持続性や、抗体価と症状その他のパラメータとの相関を明らかにすべく検討しました。 アイスランドにおけるCovid-19ですが、2020年2月28日に最初の感染者が確認され、その後4月30日までに流行はほぼ収束しました。この間に1797人が定量PCR(qPCR)によって確定診断され、それ以降6月15日までに確定診断された感染者は、わずか13人でした(合計1810人)。 6月15日

生命科学の基本は確たるデータに基づいてものを言うこと

タイトルのみで終わる記事なのですが、少しだけ話を続けます。 確たるデータとは、しかるべき方法論、プロトコール、取り決めなどに従って取得・収集・観察された実験データや臨床データ、その他のデータを指します。 このデータは自分、同僚、第三者などによってしっかりと検証されねばなりません。検証を経て初めてそこからものが言える(=結論を出す、推論する etc)ことになります。 以上が(生命)科学の基本理念であり手続きです。 (もちろん、「確たるデータ」がひっくり返されることもままありますが、それはまた別の話です) * * * 翻って、特に新型コロナウイルスに関する現状を見ると、しばしば確たるデータに基づかない推論(ひどいのは思い付きや山勘レベル)や検証に堪えない「データ」が出され、往々にしてそれが一人歩きしているように感じます。 本来、そのような生なかな情報を出す方が悪いのですが、あるべき矜持が失われているのかもしれません。 とりあえず、いきなりマスメディアに売り込まれたような「データ」は一歩下がって考る必要があると思います。

麻生氏の言う民度とは?

麻生氏の発言 6月4日の参院財政金融委員会において、麻生副総理が 「(なぜ日本はコロナの死者が少ないのか?)日本だけ薬でも持っているのか?と問われたときに、お宅とは国民の民度のレベルが違うと答えると相手が絶句する」旨の発言 (→Youtube( https://www.youtube.com/watch?v=w-0eoemQINo ))をし、マスコミ等で(一部ネガティブに)取りあげられています。 たしかに外国人から見ると、どこの国もおおむね似たようなコロナ対策を取っているのに(しかも日本はPCR検査数が少ないのに)なぜ日本の死者数が突出して少ないのか不思議に思えるでしょう。 この疑問は言葉を変えると、「感染対策を成功させるには何か別な要因があるのか?」という問いになろうかと思いますが、その答えを麻生氏は直観的に「民度」と表現したようです。 そのココロは? この答えを筆者的にもう少し丁寧に説明すると以下のようになります。 まずは、一人一人の感染収束に向けた「責任感」です。 次いで、背景因子として日本では *国民が高度の衛生概念を持っている *実際に国内では高度の衛生環境が整っている *国民皆保険制度に基づく高水準の医療体制が整っている の三要素があげられ、 さらに、ここにさまざまな生活習慣や行動様式などの因子も絡みます。 これらが麻生氏のいう「民度のレベル」の実態ではないかと筆者は考えます。 以上は麻生氏だけでなく、おおむね日本人の感覚としてコンセンサスに近いのではないでしょうか。 (詳しくは、当サイトの「 コロナ、いったん収束―日本はなぜ封じ込めに成功したのか? 」をご覧ください)

コロナ、いったん収束―日本はなぜ封じ込めに成功したのか?

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はじめに 4月7日に発出された緊急事態宣言が、5月26日に全都道府県で解除されました。 現在、新型コロナウイルスの新規感染者は、一日あたり全国で50人内外に収まってきており、いったんは感染沈静化に至ったと考えて良いでしょう。 海外のメディア等では、日本がロックダウンなどの強硬措置を取らずになぜ感染沈静化を達成できたか、不思議がる向きもあるようです。本記事ではそのあたり、つまり日本において感染沈静化に成功した理由について、これまでの感染状況を踏まえながら検討したいと思います。 これまでの感染状況 まずは、緊急事態宣言発出前の国内の日ごと新規感染者数推移を示します。 (厚労省発表データより筆者作成。3月4日以降は、検疫で発見された帰国者の陽性例を含む) 感染の状況を見るには、一日の新規感染者数を追って行くこのグラフが最もシンプルで分かりやすいかと思います。 感染者は2月半ばあたりからぽつぽつ増え始め、一日20人前後で推移しましたが、3月に入ると各地でクラスターが発生し、全国では一日50人前後で推移しました。 ここまでは、欧米の状況と比較して、日本の封じ込めが上手く行っているように見えました。 ところが3月下旬になると、特に3月25日あたりから急激に感染者の増加が認められ、4月初頭には感染爆発の様相を呈し始めました。図からも一日あたりに発生する感染者が、100人、200人、300人超と、どんどん増えていく様相が見てとれます。 そしてその矢先に、7都府県を対象とする緊急事態宣言が4月7日に政府から発出されました。しかしながら、その後も感染者は増加を続け、日本もイタリアやアメリカのような惨状に陥るのかとの不安がよぎりました。 下図に、現在までの日ごと新規感染者数推移を示します(データ出所などは同じ)。 増加を続けた感染者は、4月12日には743人を記録しました。 ところが、図からも分かるように、この日を最大として感染者数は明らかな減少傾向に転じ、その後も曜日によるうねりはあるものの順調に減少し、5月半ば以降は、ほぼ一日50人前後の状態が続き、現在に至っています。 厚労省発表によると、6月1日午前零時現在、累計感染者数は16884人、死者は892人となっています。 残念ながら感染者は1万人の大台に乗り、死者は892人の多きに及びましたが、いずれも欧米諸国に比べれば圧倒的に少なく